El Museo, de carácter privado, está vinculado a la Fundación Gregorio Prieto, constituida por el pintor el 12 de marzo de 1968, y adscrita al Ministerio de Cultura como entidad jurídico-privada con fines de interés general sin ánimo de lucro, siendo su principal objetivo la difusión y conservación del legado de su fundador. Instalado en una casa solariega del siglo de principios del XVIII y rehabilitada y acondicionada por el propio artista, fue inaugurado en 1990 por SS.MM. los reyes de España y visitado, de forma privada en 1998 por S.M. el rey Don Felipe VI, entonces Príncipe de Asturias.

El pintor de la Generación del 27 depositó para los fondos de su Museo, más de cinco mil obras. Tres cuartas partes son creación del propio Gregorio Prieto y que, exhibidas de forma rotatoria, permiten disfrutar de todas sus épocas y disciplinas creativas: fotografía, dibujo, collage, arte gráfico y pintura. Un recorrido que permite contemplar a través de la cuidada selección de 400 piezas sus largas estancias en París, Roma o Londres y su aportación por los distintos estilos abordados en su extensa vida: desde el impresionismo, geometrismo y neocubismo iniciales, al periodo clásico con su innovadora de carácter homorerótico, presente también en las surrealistas y metafísicas fotografías artísticas de esa época, hasta llegar al “fovismo ibérico”, al postismo, el collage y al arte pop.

El resto de la colección contiene obras -propiedad también de Gregorio Prieto- de otros pintores del siglo XX, amigos o compañeros, como Picasso, Maruja Mallo, Max Ernst, Giorgio de Chirico, Gutiérrez Solana, Marc Chagall, Francis Bacon o Joaquín Valverde; una colección de dibujos originales de Federico García Lorca o Rafael Alberti. A este fondo, se van incorporando cada dos años, las obras premiadas en el Certamen de Dibujo, creado por Gregorio en 1991. Finalmente, Prieto atesoró cerca de cien tallas religiosas, en madera policromada, de los siglos XV al XVIII.